La Biblioteca comprende las siguientes colecciones:

• Una valiosa colección bibliográfica, de aproximadamente siete mil títulos, adquiridos por compra, canje y donación. Queremos resaltar que comprende la colección "Fernando Romero", la cual reúne las obras bibliográficas, documentales y fichas de investigación de la rica colección naval de la biblioteca personal del capitán de fragata (r) Fernando Romero Pintado, quien tuvo a bien entregarla en donación el 5 de enero de 1995.
  La colección está registrada en una base de datos WINISIS. La actualización del área correspondiente a los aspectos marítimos y navales está disponible en la web.
  
  
• La Hemeroteca, constituida por 512 títulos de publicaciones periódicas, que incluye valiosas colecciones de revistas antiguas, tales como El Perú Ilustrado, Prisma, Variedades, Mundial y otras; periódicos antiguos, incluyendo El Peruano, de 1850 a 1911.
  
  
• El Archivo fotográfico, el cual comprende un número aproximado de diez mil fotos y veinte álbumes que suman unas tres mil fotos más. Todas ellas están referidas a aspectos de la vida social, política, naval y marítima del país.
  Con excepción de los álbumes, la colección se encuentra investigada y registrada en una base de datos de MicroIsis, que, al mismo tiempo ha permitido obtener un catálogo impreso indexado que rescata el testimonio de la vida del país y de la Marina en un período que cubre los años comprendidos entre 1870 y 1956.
  
• 60 volúmenes encuadernados de recortes de periódicos y revistas -entre ellos El Comercio y El Peruano- con información, de 1950 a la fecha, sobre los asuntos referidos a la Marina, los intereses marítimos y al Instituto mismo.