Existen tres Comisiones para desarrollar sus fines y atribuciones:
Comisión de Estudios Estratégico-Marítimos
(CEEM)
Tiene como finalidad contribuir al diseño, desarrollo, consolidación y divulgación de una estrategia marítima nacional, comprendiendo actividades de análisis, investigación, estudios y certámenes a nivel nacional e internacional en las áreas de la geopolítica, política económica, jurídico-social, castrense, y otras relacionadas con las actividades marítimas.
Comisión de Investigación y Estudios Científicos Tecnológicos Marítimos (CIECITE)
Está destinada a contribuir con las investigaciones y estudios científico–tecnológicos relacionados con los Intereses Marítimos del Perú, con la finalidad de aportar en la formulación permanente de la Política Marítima Nacional y el Desarrollo Nacional.
Comisión de Investigación y Desarrollo Histórico (COIDH)
Tiene por finalidad asesorar y coordinar la preparación, investigación, desarrollo y divulgación de la Historia Marítima del Perú. Asimismo, promover todas aquellas actividades vinculadas al quehacer histórico–marítimo. Es responsable del cumplimiento de los fines de la Institución, de acuerdo al Estatuto.
